Powstanie portu w XVI-wiecznym mieście było niezbędne dla produkcji soli w powstałej warzelni. W 1592 r. dokonano zamknięcia starorzecza Odry oblewającego wyspę Mały Lasek, zbudowano przystań i powstały pierwsze zakłady szkutnicze, a później stocznia.
Do czasów II wojny światowej nowosolski port stał się jednym z najważniejszych portów w środkowym obiegu Odry. Ocenia się, że rocznie mogło przewijać się tu nawet 1000 łodzi.
W czasie II wojny światowej w porcie odbywał się przeładunek i wysyłka towarów. To stąd wysyłano m.in. elementy niemieckich U-Bootów, które montowano w Szczecinie, gdzie były wodowane i wysyłane w morze.